Albstadt, Städtische Galerie
Baltimore-Maryland, Baltimore Museum of Art
Berlin, Deutscher Bundestag
Berlin, Staatliche Museen Graphische Sammlung
Bremen, Kunsthalle
Cuxhaven, Kulturdezernat der Stadt Cuxhaven
Düren, Leopold-Hoesch-Museum
Duisburg, Wilhelm-Lehmbruck-Museum
Essen, Museum Folkwang
Esslingen, Galerie der Stadt Esslingen, Villa Merckel
Halle, Staatliche Galerie Moritzburg
Hamburg, Hamburgmuseum
Hamburg, Altonaer Museum
Hamburg, Kunsthalle
Hamburg, Museum für Kunst und Gewerbe
Hannover, Sprengel Museum
Hannover, Niedersächsisches Landesmuseum, Landesgalerie
Karlsruhe, Staatliche Kunsthalle
Kassel, Staatliche Museen
Kiel, Kunsthalle
Köln, Museum Ludwig
Köln, Wallraf-Richartz-Museum
La Spezia, Musei Civici, Galleria Moderna della Città
Ludwigshafen, Städtische Kunstsammlungen
Mannheim, Städtische Kunsthalle
Michigan, University, Ann Arbor, Museum of Art
Mönchengladbach, Museum Abteiberg
München, Staatliche Graphische Sammlungen
Nürnberg, Germanisches Nationalmuseum
Oldenburg, Landesmuseum für Kunst und Kulturgeschichte
Rendsburg, Jüdisches Museum
Rom, Galleria Nazionale d’Arte Moderna
Schleswig, Stiftung Schleswig-Holsteinische Landesmuseen Schloss Gottorf
Schweinfurt, Städtische Sammlungen
Stuttgart, Staatsgalerie
St. Louis - Missouri, City Art Museum
Vatikan, Musei Vaticani
Wiesbaden, Museum Wiesbaden
Wuppertal, Von-der-Heydt-Museum
Werke Eduard Bargheers für den öffentlichen Raum (Mosaike, Wandbilder) befinden sich in Hamburg, Hannover und Forio d'Ischia.